Вірус плямистого в"янення томатів

Малюнок 2: геномної організації  та вираження стратегії впуть.

vRNA є вірусною РНК сенсі, vcRNA є вірусним додаткових РНК.  Відкриті рамки зчитування (ОРС)  є

свідчать білі коробки, не шаблонний лідер послідовностей чорні смуги.

Протилежно розташованих ОRF на Ambisense S і M РНК сегменти розділені міжгенних регіонів (IRS) у кілька сотень нуклеотидів. Обидва реєстратури містити довге протягом основному залишки слід довге протягом основному залишки U, і, за прогнозами, у великі стійкі структури шпильки (~ 120 б.п. для РНК, ~ 75 б.п. для M РНК; De Haan та ін ., 1990; Kormelink та ін, 1992a) .. Крім того, послідовність (CCAAUUUGG для S і GCAAACUUUGG для М), який зберігається між різними Tospoviruses розташований у верхній частині цих міжгенних шпильок (De Haan та ін, 1992;. Kormelink та ін, 1992a;. Maiss та ін,. 1991).

Хоча не всі етапи циклу впуть інфекції (Адкінс, 2000; Schmaljohn, 1996 і посилання в них) були вивчені, цикл вважається ході аналогічно тому, інших негативних нитки РНК-вірусів. Після введення впуть в рослинну клітину за своєю біологічною вектор (трипса), вірусна мембрана видалені і nucleocapsids звільняються в цитоплазму. RNPs є реплікативної і transcriptive одиниць впуть, що містять як шаблон і ферментів для цих процесів. RNPs всередині віріонів містять в основному вірусної (V) сенсі РНК, хоча незначні кількості вірусних додаткових (ВК) сенсі РНК були також виявлені у вірусних частинок (Kormelink та ін., 1992b). Первинна транскрипції цих RNPs таким чином результати в основному в вірусної мРНК білка L, глікопротеїн попередника, і білка N (Kormelink та ін., 1992b).

Малюнок 3: Прогноз структури  шпильки в міжгенних області (ІК) відрізка впуть РНК.

Високо / U-багаті міжгенних  області (NT 1484-1986), за прогнозами, утворюють  стійку структуру шпильки НТ

1583-1835. Нуклеотиди 1705-1713 формі  зберігається мотив послідовності.

2,3 TSWV інфекції циклу

Після достатнього виробництво цих білків, починається реплікація вірусного генома, виробляються повні копії довжина сегментів РНК геному. Як і вірус грипу А (Portela і Digard, 2002 р.), пул вільних розчинного білка впуть N можуть знадобитися для боротьби з припиненням щоб реплікації копій повнометражних геному, і може викликати перехід від транскрипції реплікації. VC-сегментів сенсі прямої транскрипції мРНК для NSs і NSm білків, в результаті якого повний набір вірусних білків в даний час синтезовані. Роль білка NSs вже давно загадковий, але останнім часом АПЛ було показано, що супресор гена глушника, необхідні для захисту вірусу проти анти-вірусного відповіді рослини від пост-транскрипції мовчання генів (PTGS) (Bucher та ін., 2003 року; Такеда і ін, 2002). Інші Bunyavirul NSs білків також відомості про участь в ухиленні від анти-вірусних Інтерферон відповідь господаря, але, крім того були маються на увазі в перекладі (Di Боніто та ін, 1999;. Саймонс та ін, 1992;. Watkins & Jones, 1993 ) і, зовсім недавно, в пух-регулюючої приймаючої мРНК переклад (Bridgen и др., 2001;. Колон-Рамос і ін, 2003) і клітини-господаря синтез РНК (Le травня і ін, 2004) ...

Знову реплікованих геному сегменти incapsidated N білка і невелику кількість білка L, формування нових RNPs. Ці RNPs перевозяться в сусідні клітини за допомогою  Nsm, вірусного білка руху, який індукує трубчастих структур на plasmodesma для полегшення переміщення вірусних RNPs через клітинну стінку (Kormelink та ін, 1994;. Бур та ін, 1995.). Таким чином, вірусна інфекція пошириться на сусідні тканини, в кінцевому підсумку призводить до системної інфекції.

Глікопротеїну попередника  протеолітичних відколу, отримуючи  дві зрілі білки, G1 і G2, які посттрансляційної глікозильованого і орієнтовані на апарат Гольджі (Kikkert та ін., 2001). Гольджі мембраною, що містить G1 і G2 обертають навколо новостворених RNPs для формування нових вірусних частинок, які оповиті подвійною мембраною і, отже, називається двічі оповитий вірусних частинок (розробників). Злиття зовнішньої мембрани цих розробників з мембрани ЕР, нарешті, призводить до накопичення одноразово оповитий вірусних частинок (SEVs) всередині великих бульбашок (аль Kikkert та ін., 1999). Ці віріони всередину шляхом подачі трипс, який став наполегливо інфіковані в результаті вірусної реплікації всередині вектора. Передача вірусу через зараження нових рослин шляхом подачі трипса почнеться новий цикл інфекції.

Малюнок 4: впуть множення циклу всередині рослинної клітини.

2,4 Replicational діяльності впуть  вириона отриманих та цитоплазматичних RNPs: перемикання між транскрипції та реплікації

У відсутність RLL, впуть віріонів тільки показують низькі рівні replicational діяльності, в той час як цитоплазматичні RNPs по всій видимості, збільшилися replicational діяльності, як це було відзначено синтез не тільки геномної РНК, але і M і L молекули РНК. У присутності РРЛ ситуація зворотна, тобто високої транскрипционной активності спостерігається з очищеною віріонів у той час навряд чи синтез РНК можна спостерігати на цитоплазматичній RNPs. Здавалося б, таким чином, що RNPs може існувати у двох різних конформацій: транскрипційні RNPs як справжній момент усередині віріонів і replicational RNPs в цитоплазмі. Наявність двох функціонально різних комплексів РНП було запропоновано раніше для вірусу грипу, на основі аналогічних спостережень різних рівнях синтезу РНК вириона між отриманих RNPs і стільникових RNPs (Skorko і ін., 1991).

Після введення даних в клітинку, RNPs необхідно брати участь у транскрипції для синтезу вірусних білків, а потім перейти до реплікації вірусного генома. При негативному сенсі РНК-вмісних вірусів, загалом, цей параметр був запропонований як створеного вірусних нуклеокапсида білка, який необхідний як antiterminator під час реплікації.

Проте останнім часом дослідження з лімфоцитарного хоріоменінгіту ареновірус (LCMV) показали, що хоча NP дійсно виконує важливу роль стимулюючого в обох процесах, підвищені концентрації НП не призвело до підвищення рівня реплікації в порівнянні з транскрипцією (аль Pinschewer та ін, 2003). . Таким чином, для LCMV перемикатися між цими процесами не становили стільникового концентрації НП. Цікаво, що два різних види RNPs недавно був виділений з клітин, інфікованих VSV, не сегментований негативні ланцюг РНК вірусу (Qanungo та ін., 2004). Один з них був транскриптази комплекс, що складається з вірусної РНК, полімеразна і нуклеокапсида білків, пов'язаних з декількома факторами господаря, і інших було реплікази комплекс, що складається з тільки (вірусний) РНК-полімерази і нуклеокапсида білка. Це схоже, вказує на перемикач опосередковано беруть факторів, які можуть бути схожі на сегментованих вірусів.

За аналогією з нуклеопротеїдів  інших негативних вірусів пасмо, впуть N білка може також функціонувати  як antiterminator під час реплікації. Низький replicational діяльності очищеного віріонів Таким чином, можна пояснити відсутність пул вільних розчинного білка N. Висока replicational діяльності очищеного цитоплазматичних RNPs З цієї точки зору видається, має на увазі наявність вільних розчинного білка N. Метод очищення RNP може дозволити використовувати для спільного очищення білків N, особливо якщо N форми RNP-структури, позбавлені РНК, як показано для вірусу грипу NP (Руігрок і Боден, 1995).

2,5 TSWV транскрипції

Для того, щоб бути переведені, вірусні мРНК вимагають або 5 'структури кришки або внутрішні рибосомних сайті вступу (IRES) (Галлі, 1998). Для цього, впуть перетворилася capstealing механізму, відомого як кришка вихопивши, за допомогою якого можна почати вірусної транскрипції. Cap вихопивши є загальним і ексклюзивним для сегментованих негативні нитки РНК-вмісних вірусів (огляд для Ambisense вірусів у Нгуен & Haenni, 2003). Цей механізм був досліджений для впуть великі дослідження в Планта (Duijsings та ін., 1999, 2001), в результаті чого модель для ініціації транскрипції, що зображена схематично (рис. 5). Обмежено 5'-кінця мРНК з приймаючою небудь або залишок G на 12-18 NT від обмежений 5'-кінці пов'язаний, ймовірно вірусної полімерази. Це або G є доповненням до кінцевої U або передостанній залишок С в вірусної шаблон, пропонуючи вимоги для одного спарювання підстав взаємодії. Чи пов'язані мРНК хост то endonucleolytically відколу вниз за течією від цього чи G залишку. У результаті обмежено лідера, імовірно в правильному положенні по спарювання підстав взаємодії з шаблону, потім подовжений для синтезу вірусної мРНК. Не всі деталі цієї моделі були підтверджені на впуть, але за аналогією з грипом вірусу Кап-обов'язковий і ендонуклеази діяльності, як вважають, перебувають у вірусній полімерази.

Малюнок 5: модель для кришки вихопивши  з впуть, запропонований Duijsings и др., 2001 ..

На відміну від вірусу грипу А мРНК, Bunyavirul мРНК синтезуються в цитоплазмі і, як правило, не поліаденільованим, із зазначенням різних механізму термінації транскрипції. Для повністю негативному сенсі orthobunya-, nairo і сигнали хантавірусів припинення видно, є G-або C-багатих ділянок, з або без консенсусу мотив (Eshita та ін, 1985;. Хатчінсон та ін, 1996;. Паттерсон і Kolakofsky, 1984). Проте, в більшості випадків ці сигнали були вивчені тільки для сегмента S з цих вірусів, і тому він залишився невідомим, чи є вони зберігаються для всіх трьох сегментів. Тільки Sin Nombre хантавірусів припинення було досліджено для всіх трьох сегментів і, що дивно, цей вірус, як видається, використовувати різні стратегії для кожного сегмента (Хатчінсон та ін., 1996). Припинення мРНК S-сегменті відбувається тільки вниз за течією від CCCACCC послідовність мотив, який зберігається між Ханта і Orthobunyaviruses. Ця послідовність мотив не можуть бути визначені в M і L геному сегментів. Відображення 3'-кінці мРНК L вказала, що вона була не менше, ніж геномної шаблону РНК, постановку мРНК не вимагає припинення сигналу.

M-сегмент мРНК поліаденільованим  на віруси Поліаденілювання-термінації  транскрипції і нагадує, що кілька інших негативних вірусів стружкою (Хатчінсон та ін., 1996). , Чи відображає це припинення механізм, аналогічний тому, який використовував вірусу грипу А, де заїкання від вірусної полімерази в комплексі U-тракту (5 до 7 залишків) призводить до синтезу полі (А) хвіст (Luo та ін., 1991 ;. Чжен і ін, 1999), як і раніше належить вивчити.

Транскрипція припинення Ambisense РНК сегменті phleboviruses як видається, не повинні бути однаковими. Реєстратур з phleboviruses Сандфлай лихоманка сицилійської (SFSV), лихоманка Ріфт-Валлі (RVFV), і Тоскана (TOSV) є G-багатих і не можуть утворювати стабільні вторинні структури. Термінації транскрипції цих вірусів відбувається поблизу мотив CCGUCG послідовність у шаблон, якому передує G-або С-шляхів (Георгій і ін., 1991). ІК Торо Пунта (PTV) phlebovirus РНК сегменті, за прогнозами, утворюють стійку структуру шпильки, і термінації транскрипції здається відбуваються поблизу верхньої частини 100-BP розміру шпилька (Emery & єпископ, 1987). Uukuniemi вірусу (UUKV) транскрипції закінчується на 3'-кінці ІК, що призводять до двох мРНК, які мають невелику 3'-стовбурових структуру циклу і доповнюють один одного на всю 3'-неперекладне області (УТР) (Simons & Петтерссон, 1991). Цікаво, що гексануклеотіда послідовності (CCGUCG), який зберігається для TOSV, RVFV і SFSV також знаходиться у верхній частині міжгенних шпильки ОТВ, а також у шаблон для транскрипції НЗ мРНК UUKV.

Для впуть, мРНК розміром оцінки на Північному помарки (~ 3,5 Кб для ДП, ~ 1,1 Кб для Нм, ~ 1,7 Кб для НЗ і ~ 1,2 Кб для N) передбачає, що розірвання договору відбувається десь в міжгенних області (De Haan та ін., 1990; Kormelink та ін, 1992b) .. Таким чином, два відомих особливостей ІК, шпильки і консенсусної послідовності, було запропоновано взяти участь у термінації транскрипції.

2,6 впуть транскрипції  в пробірці

Хоча значний прогрес  був досягнутий в останнє десятиліття  для характеристики впуть геному транскрипції та реплікації (Duijsings, 2001; Kormelink, 1994; Ван Poelwijk, 1996), багато деталей  цих процесів до цих пір залишається недосяжною метою. Для отримання більш глибокого розуміння цих процесів, дослідження, описаного в даній роботі вперше була спрямована на розробку функціонального аналізу в пробірці транскрипції. очищених віріонів, а також очищені цитоплазматичних RNPs впуть спостерігаються виконати обидва геному реплікацію і транскрипцію в пробірці. Який з цих видів діяльності відбувається, схоже, залежить від аналізу умов, тобто на наявність або відсутність ретикулоцитів кроля лізат (РРЛ).

Хоча впуть транскрипції ініціюється кришка вихопивши, відсутність  транскрипції в відсутність РРЛ, мабуть, була не з-за відсутності обмежений молекул РНК з додаванням обмежений молекул РНК тільки не зміг змусити транскрипції.

З цього випливає, що стимуляція транскрипції того РРЛ не пов'язане виключно з наявністю (фрагментовані) мРНК в цьому лізата. Використовувати як кришки донорів глобіну мРНК присутній у лізат а також екзогенно додав обмежений РНК показав, що спостерігається транскрипції дійсно справжні кришка вирвати ініціативи вірусної транскрипції. Крім того, це демонструє, що в пробірці аналізу транскрипції можуть бути використані для дослідження механізму ініціації транскрипції використанням змінюваних синтетичних обмежений РНК-транскрипти.

Залежність транскрипції в пробірці на наявність РРЛ раніше спостерігалося для Ла-Крос і Germiston Orthobunyaviruses, і було запропоновано на основі вимоги для стабілізації зароджується стенограма шляхом сканування рибосоми (Беллока & Kolakofsky, 1987; Vialat і Bouloy, 1992). Для впуть, проте, ніякого скорочення транскрипції спостерігалося при стенограма сканування рибосоми інгібується додаванням переклад інгібіторів. Крім того, не синтез білка можна було спостерігати в у пробірці реакція транскрипції, так як реакція умови не дозволяють переклад мати місце. Ці результати показали, що, на відміну від Ла-Крос і Germiston вірусів, впуть транскрипції в пробірці не пов'язані з перекладом. У цьому відношенні впуть може більше нагадують Сноушу зайця Orthobunyavirus, для яких транскрипції в природних умовах було встановлено, будуть порушені того перекладу інгібіторів (Eshita та ін., 1985). Фактором, який стимулює РРЛ впуть транскрипції не були визначені. Проте, одним із чинників господаря виявили, пов'язані з Вірус везикулярного стоматиту (VSV) транскрипційних RNPs (див. нижче) був переклад фактора елонгації-1alpha, заявив, що вона може бути тією або аналогічних факторів у РРЛ, який відповідає за стимулюючі впуть транскрипції в пробірці .

2,7 ініціації транскрипції: кришка вихопивши

Всі Географічна негативному сенсі РНК-вмісних вірусів вивчені до цих пір, за винятком Varicosaviruses, ініціювати транскрипції механізм кришки вихопивши. Поточної моделі для впуть кришка вихопивши (Duijsings и др., 2001;. Включає в себе єдину базу спарювання взаємодії між країнами-донорами кришки і вірусних шаблон Ця модель базується на спостереженнях в природних використанням змішаної інфекції рослин тютюну з обох впуть і вірусу мозаїки люцерни (. AMV), останній надання кришка донорів для ініціації транскрипції впуть Хоча трансгенні "P12" завод-системи (трансгенних рослин висловивши функціональних реплікази AMV; .. Taschner та ін, 1991), який був використаний дозволило деякі маніпуляції послідовностей кришка донорів, це був обмежений у природних-життєздатних мутантів про що свідчить поява ревертанти декількох мутантних послідовностей або дикого типу або інших мутантних послідовностей (Duijsings та ін., 2001).