Молекулалық биология

Процессингке мынадай реакциялар кіреді.

1. Ұғым тізбекті транскриптің фрагменттелуі.

2. РНК ұштарына кейбір нуклеотидтердің қосылуы.

3. Азотты негіздермен рибоза қалдықтарының модификациясы.

Мұндай реакциялар арқылы т РНК мен р РНК түрленеді. Ал и РНК-ң түрленуі күрделі жолмен жүреді. Олардың процессинге 3 кезеңнен тұрады –

1. Қалпақ кигізілуі (кэпирования).

2. 3І ұшының полиаденилденуі.

3. Интронның кесіліп экзондардың бір-біріне тігілуі (сплайсинг).

КЭП (ағыл: қалпақ) деп – 7-ші көміртек атомына метил радикалы жалғасқан метилгуатозин КЭП и РНК-ны ыдрататын ферменттерден қорғайды және сплайсинг басталарда күрделі ферменттік жүйені таниды.

Полиаденилдену деп - РНК-ң 3 ұшына 150-200 дей тек аденин нуклеотидінен тұратын тізбектің жалғануы оны поли Ф-полимераза ферменті жасайды. Ол сплайсинг үшін белгі болып табылады. Сплайсинг нәтижеде интрондық бөліктер кесіліп экзондар бір-біріне тігіледі.

Прцессингтің негізгі кезеңі гя РНК-ң сплайсинг болып табылады. Бүгінгі күні көптеген ғылыми топтардың Б.Кэллер, Ф.Шорт, Т.Мантияс, К.Жак т.б. күш салуымен сплайсингтің негізгі кезеңдермен кейбір механизмдері ашылған.

Cплайсинг  кезеңдері.

Сплайсинг процесі бойынша кезеңнен тұрады-

1. Кезеңде интронның 5І ұшындағы фосфодиэфир байланысы үзіледі. Ары қарай осы үзілген ұш 30 нуклеотид қашықтықта орналасқан учаскеге ауысып аденозиннің 2-ші гидроксил тобы мен қосылады. Осының нәтижесінде гетерогенді РНК-ң тармақталған құрылымы лассо тұзақ немесе құйрығы бар сақина түзіледі. Сплайсингтің 3-ші кезеңде интрон лассо түрінде үзіліп экзондардың арасында қалыпты фосфодиэфир байланыстары түзіледі. Сплайсинг процесін ферменттер кіші ядролық РНК-лар Кя РНК жүргізеді. Олардың құрамында уридин көп болғандықтан J РНК деп аталады. J РНК бойынша түрлері бар – J1 J2 J3 J4 J5.

J1 – сплайсингтің 1-ші кезеңінде қызмет атқарады.

J2 – лассоның түзілуі яғни 2-ші кезең үшін қажет.

J5 – сплайсингтің 3-ші кезеңінде қызмет атқарады.

J3 J4 – дің қызметтері әзірше белгісіз.

Сплайсингтің механизмі.

Барлық РНК-ға тән бірдей сплайсингтің жалпы механизмі жоқ. Бүгінгі күні эукариоттарда сплайсингнтің 4 түрлі механизмі белгілі:

1. Ашытқының т РНК-ң сплайсингі  үзілу тігу ферменттері арқылы  жүреді.

2. Инфурозияның р РНК-ң сплайсингі  үшін РНК-ң өзі катализдік қызмет  атқарады. Мұндай процесті аутосплайсинг деп атайды.

3. Ашытқы митохондриясының РНК-нан  интронды бөліп тастауы интронның  өзінің өнімі арқылы іске асады.

4. Жоғары сатыдағы эукариоттың  гЯ РНК-ң түзілуі Экзон интрон  шекараларында орналасқан қысқа  кононды тізбектерде өтеді.

1980 жылдың басында АҚШ генетигі Д.Ж.Абелсон invitro жағдайында ашытқының т РНК-ң интрондарын кесуге қабілетті ферменттерді тапты. Бұл ферменттер нуклеоазалар деп аталады. Ол транспорттық РНК-ң 2-лік құрылымдағы конформациялық өзгерістерді ра осы өзгерістерді туғызатын интрон учаскесін қырқып тастайды.

1982 жылы АҚШ ғалымы Т.Чех инфузорияның гя РНК-ң таңқаларлық сплайсинг механизімін ашты. Invitro жағдайында 400 нуклеотидтен тұратын интронды РНК ешқандай ферменттің көмегінсіз өзін-өзі үзе алады. Ортада РНК-дан басқа тек магниионы және ГМФ гуанозинмонофосфат  немесе ГДФ, ГТФ-ң молекулалары ғана болған. Осындай аутокатализатор сплайсинг бірқатар басқа жағдайларда табылды. Бұл революциялық жаңалық өйткені осы уақытқа дейін аутокатализдік активтік тек белоктарға ғана тән деп саналып келген еді. Осыған байланысты тірі материяның алғашқы формасы өзін-өзі өндіре алатын РНК молекуласы деген эволюциялық теориялар ғылыми деректерге ие болады.

 

 

 

 

Лекция 9.

Генетикалық код

Жоспары:

1.Митохондриядағы  гендер транскрипциясы.

2. Жоғарғы  сатылы организмдер транскрипциясы  реттелуінін үлгісі.

3.Генетикалық  код. Оның негізгі қасиеттері.

4.Кодон құрылымы.

Лекция мәтіні:

 

Ген ДНҚ-дан тұратыны ал ДНҚ қос тізбекті шиыршық екені белгілі. Егер ДНҚ шын мәнінде гснстикалық молскула болса, ол бслгілі бір ферменттің құрылымын да белгілсуі тиіс. Уотсон мен Криктің пікірі бойынша ДНҚ-ның нақ осы ролін молкуласындағы нуклеотидтсрдің жүйслілікпеи орналасуымсн түсіндіругс болады, мұнда ДНҚ тізбектеріндегі торт нуклеотид кезектесіп отырады. Бірақ, ферменттер химиялық жа-ғынан белоктардың молскулалары, ал соңғылардың күры-лымдық элементтері - амин кышқылдары болып табыла-ындықтан, ол қышқылдардың белок молекуласында (демек, ферменттердікі де) орналасу реті ДНҚ молекуласын-дағы нуклеотидтердің орналасуына, дәлірск айтқанда, нуклеотидтердің ДНҚ молекуласының тізбектерінде орналасуына қарай белгіленеді.

Тұқым қуалау информациясы ДНҚ-да калай жазылған? Бүл мәселені алғаш 1954 жылы көтерген физик Г. Гамов болатын. ДНҚ-ның құрылысы толық анықталғаннан кейін бір жылдан соң, белоктағы амин қышқылдарының орналасу тәртібі ДНҚ-ның бір тізбегіндегі төрт түрлі нуклеотидтердің белгілі тәртіппен тізбектелу жолы арқылы белгіленуі керек деген ой түйді. Г. Гамов клеткада ДНҚ-ның төрт әріпті (нуклеотидті) тілін жиырма әріпті (амин қышқылдары) белок тіліне аударатын "сөздік болуы керек деп санады.

ДНҚ-ның тізбегінде төрт түрлі нуклеотидтермен жазылған нақты бір белоктың аты сол белоктың гені болып табылады. Ал енді ДНҚ-дағы нуклеотидтік "өріпң қалай күрылған?

Генетиктердің, биохимиктердің, цитологтар мен басқа да мамандардың күш салуы арқасында қазіргі уақытта гене-тикалық кодтың негізгі белгілері айқын болды.

Ф. Крик бастаған ғалымдар 50-60-жылдары жүргізген зерттеулерінің нәтижесінде әр амин қышқылына ДНҚ-дағы үш негіз сәйкес кслетінін (сол үш нуклеотид амин к,ышқы-лының аты болып табылады) ашты. Оны кодон деп атады.

Бір объектіні басқа объектілердін жәрдемімсн бейнелеуді кибернетикада кодпен жазу деп атайды.

Белок құрамына 20 түрлі амин қышқылы кіреді. Сондықтан нуклеотидтік кұрылысы бір-біріне ұқсамайтын 64 кодон алуға болады (43 = 64). Артык, 44 кодонның не ксрегі бар? Біріншіден, амин қышқылдарының орқайсысына бірнеше кодон сойкес келеді, екіншіден, үш кодон ешбір амин кышкылына сойкес келмейді, олар мәнсіз (нонсенс)

кодондар - УАА, УАГ жәнс УГА ДНК-дағы АТТ, АТЦ және АЦТ сойкес. ДНҚ-дағы гендер осындай мопсіз кодоидармен бітсді жонс соның нотижесінде кодондармен жазылған бело-ктың "атың тиянақты болып шығады. Амин қышқылдары-ның кодондық белгілері тікелей ДНҚ-да анықталған жок.. Ол үшін геннің дол көшірмссі болып табылатын иРНҚ-ның қызметі пайдалаыады. ДНҚ-дағы геннің нуклеотидтік құра-мын сойксс нуклеотидтсрмен (Т-ның орнына ол урацилді (У) қолданады) өз бойына жазып алған соң иРНҚ сол хабармсн белок жасайтын рибосомаға келеді. Рибосома иРНҚ тізбегіндегі кодондарға қарап отырып сәйкес амин қышқыл-дарын бір-бірімен тізіп, жалғастыра береді.

1940-шы  жылдарда американдық генетиктер  — Дж. Бидл мен Э. Тейтум клеткада  әр ферменттің пайда болуын  және активтілі белгілі бір  генмен бақыланатынын эксперимент  ретінде көрсетті, олардың теориясы "бір ген - бір фермент деген  дәлелмен сипатталады. Бұл ғендерді  тануда чбір адым ілгері аттау еді, ол кезде гендердің өзі белоктар деп са-налған. 1961 жылы Пастер институтының қызметкерлері Ф. Жакоб пен Ж. Моно ДНҚ белоктар жинағын тікелей басқармайды деген ғылыми болжамды үсынды. Сарапшы ролін РНҚ-ның ерекше молекуласы орындайды, оның структурасы ДНҚ молекуласының қос спиралін жазған кезде пайда бола-ды, бүл жағдайда ДНҚ-ның жазылған тізбегінде РНҚ-нің тізбегі түзіледі, мүнда нуклеотидтердің орналасуы олардың ДНҚ тізбегінде орналасуына сәйкес келеді. Нуклеотидтерді олардың органикалық қосылыстары аттарының бас әріптерімен белгілейік. ДНҚ-ның жазылған спйралінде нуклеотидтердің төменде келтірілген реті бойынша тиісті "жұппен және нуклеотидтердің қосымша орналасуымен РНҚ тізбегі пайда болуға тиіс, атап айтқанда ДНҚ тізбектеріне РНҚ тізбегі жауап қайтарады.

Озі түзіліп болғаннан кейін РНҚ тізбегі ДНҚ тізбегінен ажырайды және клетканың ферменттер жинақталатын жеріне ауысады. Келтіріліп отырған схемадағы РНҚ-да нуклеотидтердің төрт үштігі бар және егер Жакоб пен Мононың гылыми болжамы түрғысынан алсақ белоктың келешектегі молекуласында төрт амин қышкылының ретін белгілейді. Белоктың макромолекуласы РНҚ молекуласын-Дағы информацияның неғүрлым  сиымды  болуын талап

етеді, мұнда белоктың макромолекуласыыа амин қышқыл-дарынын, қанша молекуласы жалғасатын болса, нуклеотидтердің соншалыкты үштігі болуға тиіс.

Генетикалық ақпарат химиялық тұрғыдан алғанда РНҚ молекуласы үшін ДНҚ-мсн "хабарласатын" болғандыктан, РНҚ "хатты", яғни белок молекуласын жинақтау жөніндегі ақпаратты иРНҚ одан әрі жөнелтеді. Әринс, мүндай үғым, олі де болса ғылыми болжам, экспериментті түрде долелдеуді талап еткен сді. Ол долслді 1961 жылы американдық биохимик М. Нирнберг экспсримснт арқылы дәлелдеді. Ол арнайы тәсілдерді қолданып бактериалардьщ (ішек таяқшасының) клеткаларын ыдыратты және бело-ктарды жинақтауға қабілетті келетін клеткасыз масса алды. Одан кейін Жакоб пен Моно шамалаған иРНҚ-ны жасанды иРНҚ-га алмастыруды, оны соңғы химиктердің тілінде по-лиуридил қышқылы (қысқартып жазғанда поли — У) деп атады және әдеттегі табиғи иРНҚ-ға (А, У, Ц, Г) қажетті нуклеотидтердің төрт типінін орнына тек қана біреуін -уридил қышқылын (У) қалдырды.

Поли - У РНҚ тізбегін мына күйде түзеді: ...У-У-У-У—У—У—... Поли-У-ды клеткасыз массаға еңгізу елеулі нә-тиже бере қойған жоқ: әртүрлі 20 амин қышқылдарынан белоктар құрамына бір ғана амин қышқылының — фенилаланиннің молекуласы енді. Одан тек қана белоктар-дың макромолекулалары, яғни полифенилаланин түзілді. "Нуклеотидтік үштіктерге" (триплеттерге) сөйкес поли - У-да триплеттер У-У—У тізбегін түзді. Бүлар фенилаланин молекулаларын белоктарға қосу үшін "кодон" болып табы-лады. Осы зерттеулер өткеннен кейін көп кешікпей Нирн-берг фенилаланиннің түзілуі үшін иРНҚ-ны ауыстыруға тиісті тағы бір клеткалы РНҚ қажет екенін хабарлады. Әрбір амин қышқылы үшін клеткада осындай транспорт-тық РНҚ-ның (тРНҚ) ерекше түрі болуға тиіс.

1957 жылдың  өзінде Корнель университетінен  Р. Хол-ли тРНҚ-ның бар екені  жөнінде хабар жариялаған. Ал 1961 жылдың қарсаңында клеткаларда  тРНҚ-ның ор түрлі типтерінің  болатыны анықталды, олар тиісті  ферменттер бо-лған кезде белгілі  бір амин қышқылдарымен қосылады. тРНК-мен осылайша аралық күйде  қосылғанда амин қыш-қылдары белоктардың  жинакталу орнына ауысады дсп  жо-рамалдаған еді. 1956 жылы Холли  аланинді ауыстыруға бейімделген  тРНҚ молекуласындағы нуклеотидтердің  орна-ласуын анықтады. Тағы бір  үлкен жаңалық американдық үнді  ғалымы X. Г. Корана болды. Ол РНҚ тізбегін химиялық жолмен қолдан жасап алу әдісін тапты. Соның нәтижесінде 2 жыл ішінде барлық амин кышқылына сәйкес келетін 61 кодон толық аныкталды. Төменде әртүрлі амин қышқылдарына сәйкес кодондардың кестесі берілген (жақша ішінде ДНҚ-дағы сойкес негіздер көрсетілген).

Сөйтіп амин қышқылдарына сәйкес келетін кодондар иРНҚ тізбегі үшін анықталды. Бүдан ДНҚ-дағы сөйкес кодондарды табу орине оте оңай. Амин кышқылдарының кодондармен осылай белгіленуі барлық организмдерге тән екенін кейінгі зерттеулер керсетті.

Генетикалық кодты зерттеу жалпы биологиялык зор маңызы бар жаңалық ашута мүмкіндік берді. Кодтың негізгі қасиеттері белгілі болды.

Код триплетті (үштік), яғни бір амин қышқылы кодон деп аталатын үш негізбен анықталады. ДНҚ-да негіз бар, белокта — 20 амиы қышқылдарының қалдықтары; синглетті (жалғызданған) код төрт амин қышқылын ашады, дублетті (қосарланған) код — 4-4=16 амин қышқылын, ал триплетті 4 х 4 х 4 = 64 ортүрлі кодон түзе алады. Код бірін-бірі жаба алмайды, яғни белгілі бір иуклеотид коршілес скі триплеттің құрамына бір мезгілде ене алмайды. Егср негіздер АВСДЕҒНІ ретінде орналасса, АВС бір амин кышқылын, ДЕҒ — екіншісін анықтайды т.с.с. Егер код бірін бірі жабатын болса АВС бір амин қышқылын, ал СДЕ екіпшісін анықтаған болар еді. Код молшылықтан "азғын" болуы мүмкін, яғни белгілі бір амин қышқылын бірнеше кодон анықтайды (20 амин қышқылына 64 кодон). Кодтың өзіне тон сипатты болады, яғни оны оку әрқашан да белгілі бір орыннан басталады. Кодта үтір болмайды, яғни бір ко-донды екіншісімен бөлетін белгі жоқ. Код әмбебап болады. Бірдсй триплеттер әр түрлі организмдерден (бактериялар, сүтқоректілер клеткасы) алынған клеткасыз жүйелердегі бірдей амин қышқылдарын кодпен анықтайтыны көрсетілді. Код вирустар, балдырлар және теңіз кірпісі ушін әмбебап болып шықты.

Генетикалық кодтың ашылуы және белоктың (іп ұііга) организмнен тыс синтезі ғылымдағы тірі табиғаттың бірлігі жөніндегі мәселені мүлде жаңаша қойды. Бүл жаңалық бе-локты қолдан синтездеу әдісін меңгеру және бүл арқылы тірі материяның мәнін неғүрльгм терең танып білу жолын-дағы маңызды қадам болып табылады.

 

 

 

 

Лекция 10

Жоспары:

Белок биосинтезі.

1. Трансляция аппараты.

2. Транспортгық РНҚ. тРНҚ-ның бірінші, екінші және үшінші реттік құрылымы.

3. Антикодон. Аминоацил тРНҚ-синтетаза      құрылымы.      Аминоацилдену      механизмі.      Аминоацилдену реакциясының арнайылығы.

4. Про- және эукариоттардағы рибосома құрылымы.

5. мРНҚ-ның прокариоттардағы трансляциясы, этаптары және оның механизмдері, реттелуі.